Tadzjikistan is een zeer bergachtig land, dat voor de helft op een hoogte van meer dan 3000 meter ligt. Het oosten van het land ligt in de Pamir , een hooggebergte waartoe ook de berg Qullai Ismoili Somoni behoort, ooit de hoogste berg van de Sovjet-Unie. Andere bergen in dit gebied zijn de Onafhankelijkheidsberg en de Avicennaberg . Dit zeer dunbevolkte gebied, Badachsjan , geniet een autonome status en wordt bewoond door vele kleine volken.
De hoofdstad Doesjanbe ligt in het westen van het land aan de voet van het Hisorgebergte , dat het stroomgebied van de Amoe Darja scheidt van dat van de Syr Darja . Bijna geheel Tadzjikistan watert af op de Amoe Darja, die de grens met Afghanistan vormt.