Jan Pronk is de zoon van een gereformeerde onderwijzer uit Scheveningen. Na zijn Gymnasium B (op het Zandvlietcollege), studeerde hij Economische wetenschappen aan de Nederlandse Economische Hogeschool te Rotterdam. Het doctoraalexamen legde hij af in 1964. Tijdens zijn studententijd toonde hij al mededogen met de kwetsbaren in de samenleving door jaarlijks mee te varen op de 'Henri Dunant', de vakantieboot voor gehandicapten van het Nederlandse Rode Kruis. Deze gedrevenheid om de minder bedeelden in de wereld daadwerkelijk te helpen heeft zijn hele verdere loopbaan bepaald.