Lennon wordt geboren te Liverpool, als zoon van de steward Alfred Lennon en Julia Stanley, volgens eigen zeggen een ouvreuse. Zijn vader, die vaak maanden op zee was, besloot later in Nieuw-Zeeland te gaan wonen. Lennon bleef bij zijn moeder, die op 15 juli 1958 werd doodgereden door een dronken politieman. Hierna woonde hij bij Mimi, de zuster van zijn moeder. Zijn vader zou hij pas in 1964 terugzien. Grootvader Jack Lennon was in 1858 in Liverpool gaan wonen, maar kwam uit Ierland; de familienaam, O'Leannain of O'Lionnain, komt veel voor in de graafschappen Fermanagh en Galway. Zowel Lennons grootvader als diens vader verdienden hun inkomen als zanger; voor Lennons vader was zingen een bijverdienste.