Pol Pots werkelijke naam was Saloth Sar, en sommige bronnen geven als geboortejaar 1925. Zijn nicht was een concubine van de koning van Cambodja. Hij studeerde in een boeddhistisch klooster en was twee jaar monnik. Vervolgens lukte het hem via zijn connecties een studiebeurs te bemachtigen. Hij begon op zijn 24ste in Parijselektrotechniek. In Parijs raakte hij betrokken bij politieke activiteiten en hij verwaarloosde zijn studie. Zijn studiebeurs werd ingetrokken en hij keerde terug naar Cambodja, waar hij zich aansloot bij de Indochinese communistische partij van Ho Chi Minh en meevocht in de koloniale oorlog tegen de Fransen.

Na de val van Dien Bien Phu verlieten de Vietnamezen Cambodja. Prins Norodom Sihanouk probeerde alle macht naar zich toe te trekken. In 1956 werd Pol Pot leraar en trouwde hij een lerares die hij uit Parijs kende. In 1960 werd hij lid van de Communistische Partij van Cambodja. In 1963 werd hij gekozen tot secretaris van het centraal comité van de partij. In datzelfde jaar vluchtte hij de bergen in. Van daaruit leidde hij de guerrillastrijd van de militaire vleugel van de communistische partij, de Rode Khmer. Hij raakte onder de indruk van de bergvolkeren, die zelfvoorzienend waren en geen geldeconomie hadden.

Na de afzetting van Sihanouk door Lon Nol bestreed hij de laatste. Toen de Amerikanen Cambodja begonnen te bombarderen in het kader van de Vietnamoorlog en Cambodja binnenvielen om aldaar gelegerde Vietcong-troepen aan te vallen, dreven ze de plattelandsbevolking in de armen van Pol Pot. De Rode Khmer werd steeds sterker, en het regime van Lon Nol zakte in elkaar. Tenslotte vluchtte Lon Nol naar de Verenigde Staten.

Op 17 april 1975 trokken de Rode Khmer de Cambodjaanse hoofdstad Phnom Penh binnen. Pol Pot werd premier van Cambodja, dat werd omgedoopt tot Democratisch Kampuchea. Hij trachtte op bloedige wijze van Cambodja een autarkische communistische landbouwstaat te maken. Steden moesten verdwijnen en iedereen moest boer worden. Geld, onderwijs, godsdienst en privébezit werden afgeschaft. Huwelijken werden voortaan gearrangeerd, en kinderen werden gescheiden van hun ouders. Personen die niet meewerkten werden omgebracht. Ook intellectuelen en academici werden gedood, waarbij het dragen van een bril of het spreken van een vreemde taal iemand tot verdachte maakte. Pol Pot geloofde namelijk niet in hun ideeën en beschouwde hen als lastige obstakels.

Over het geïsoleerde regime van Pol Pot was aanvankelijk niets bekend, maar na verloop van tijd werd het voor de buitenwereld duidelijk wat er in Cambodja gebeurde. Op 25 december 1978 vielen troepen van Vietnam Cambodja binnen en verdreven de Rode Khmer. Pol Pot vluchtte met dertigduizend Rode Khmers en bijna 100 duizend burgers naar de grens met Thailand en wist nog bijna twintig jaar stand te houden in de jungle, gesteund door Thailand dat hem gebruikte als buffer tegen de Vietnamezen. Cambodja werd bezet door Vietnam. De bezetters installeerden een marionettenbewind en maakten duidelijk wat voor misdaden er waren gepleegd onder het bewind van Pol Pot. Ze veroordeelden het regime als 'rood fascistisch'. In 1989 trokken de Vietnamezen zich terug omdat ze niet langer financieel werden gesteund door de Sovjet-Unie die op dat moment zelf in elkaar zeeg. Pol Pot trok zich terug in Anlon Veng.

Vanaf 1996 stortte het Khmer-leger ineen. Steeds meer Rode Khmers liepen over naar het Cambodjaanse regeringsleger. Zelfs de kopstukken deserteerden. Tenslotte werd Pol Pot door zijn vroegere Nummer Twee Ta Mok berecht en tot levenslang huisarrest veroordeeld. In april 1998 viel het regeringsleger het laatste bolwerk aan. Ta Mok vluchtte het oerwoud in, met Pol Pot, die enkele dagen later overleed. De officiële doodsoorzaak was een hartaanval, maar de omstandigheden rond zijn dood waren verdacht, en zijn lijk werd op een vuilnishoop verbrand voor het officieel was onderzocht. Enkele dagen eerder had de Amerikaanse president Clinton gesteld dat Pol Pot wegens zijn misdaden terecht zou moeten staan. Mogelijk pleegde hij daarom zelfmoord. Een andere theorie is dat hem door anderen het zwijgen is opgelegd omdat ze bang waren voor wat hij tijdens een proces over hen zou zeggen.

In totaal zouden onder zijn bewind anderhalf tot twee miljoen Cambodjanen zijn omgebracht. Dat was toen een vijfde van de Cambodjaanse bevolking.